Parte I - Siamo nel 2027, un anno dopo la fine della IV Guerra Mondiale. Il tenente colonnello Mamuro è stato ucciso, probabilmente durante un tentativo di rapina. Ma Daisuke Aramaki, ufficiale della Pubblica Sicurezza è assolutamente certo che dietro questo delitto si nasconda ben altro. Aramaki incarica delle indagini la giovane Motoko Kusanagi, maggiore in seconda dell'esercito nonché cyborg potenziato ed abilissima hacker.

Parte II - Mentre Motoko cerca di venire a capo del caso assegnatole dalla Pubblica Sicurezza, che si dimostra più intricato del previsto, decide che per raggiungere il suo scopo dovrà fare squadra con elementi all'altezza della situazione e, dopo averli scelti, compone la leggendaria Sezione 9.