Quando l'oscurità cala su New York, la popolazione della città ha bisogno di eroi. Presto li avrà nella forma del più improbabile quartetto di combattenti contro il crimine e aiutanti dell'umanità mai visto prima: il gruppo di coraggiosi e implacabili rettili noti come Tartarughe Ninja! Crimine e terrore si stanno diffondendo sulle strade di New York da quando Shredder e il suo diabolico Clan del Piede stanno prendendo il controllo su tutto, dalla polizia alla politica. Il futuro sembra cupo fino a quando quattro fratelli reietti, sopravvissuti a un esperimento scientifico fallito, escono dalle fognature e accettano il loro destino di supremi vigilanti mascherati. Di fronte ai diabolici piani di Shredder per il dominio, queste Tartarughe Ninja stanno per fare squadra con l'impavida reporter April O'Neil (Megan Fox) e il suo arguto e ironico cameraman Vern Fenwick (Will Arnett) per salvare i cittadini di New York.