Quando l'Enterprise è chiamata a tornare verso casa, l'equipaggio scopre una terrificante e inarrestabile forza all'interno della propria organizzazione che ha fatto esplodere la flotta e tutto ciò che essa rappresenta, lasciando il nostro mondo in uno stato di crisi. Spinto da un conflitto personale, il Capitano Kirk condurrà una caccia all'uomo in un mondo in guerra per catturare una vera e propria arma umana di distruzione di massa. Mentre i nostri eroi vengono spinti in un'epica partita a scacchi tra la vita e la morte, l'amore verrà messo alla prova, le amicizie saranno lacerate, e i sacrifici compiuti per l'unica famiglia che Kirk abbia mai avuto: il suo equipaggio.