Dove cadono le ombre racconta una pagina nera della recente storia svizzera: il tentativo di sterminio genetico del popolo nomade degli Jenisch. Tra il 1926 e il 1973, centinaia di bambini vengono brutalmente strappati alle loro famiglie, "ricoverati", stipati in vecchi fatiscenti istituti psichiatrici dove ha luogo la rieducazione. Condannati per anni a una serie di crudeli torture fisiche e psicologiche (bagni gelati, elettroshock, sterilizzazione), molti di loro si aggrappano ai brandelli di quell'infanzia rubata, finendo per diventare anime "bambine" incastrate in corpi di adulti. Anna (Federica Rosellini), infermiera di un vecchio istituto per anziani, è tra quelli che hanno provato a dimenticare e a ricostruire un rifugio accogliente sulle ceneri dell'ex orfanotrofio in cui è cresciuta. Ma quando dal passato riappare Gertrud (Elena Cotta), una vecchia signora dai modi gentili, tutto precipita e il nastro dell'orrore si riavvolge. Sulle pareti dell'ala ovest, la zona delle torture, riappaiono le ombre degli abusi e dei maltrattamenti, l'istituto perde dunque i contorni attuali e torna ad essere ciò che era: tempio di un progetto di eugenetica capitanato da Gertrud in persona. Anna, schiava di quel luogo e di un'infanzia dolorosa che non termina mai, riprende allora le ricerche di Franziska, un'amica d'infanzia sparita misteriosamente molto tempo prima. Ispirato a una storia vera, a settecento storie vere.