Godzilla, cinque anni dopo aver sconfitto King Ghidorah, sembra essere impazzito: attacca in vari punti del mondo le sedi della Apex Cybernetics. King Kong invece è enormemente cresciuto rispetto a quando l'abbiamo visto l'ultima volta, negli anni 70, ma è comunque finito in cattività: è infatti imprigionato sotto una mastodontica cupola a Skull Island, dove l'unica a saperlo placare sembra essere una ragazzina sordomuta, unica superstite della tribù di indigeni dell'isola. Per fermare Godzilla il boss della Apex convince uno scienziato che ha sviluppato la teoria della Terra Cava a guidare una spedizione nelle più remote profondità del sottosuolo, con una tecnologia avanguardistica e insieme a King Kong. Godzilla però continua i suoi attacchi e lo scontro con il giga-gorilla sembra inevitabile...