Secondo la leggenda il santo visse nel tempo di Diocleziano. Fu un suo alto ufficiale e quando Diocleziano, che aveva in profondo odio verso i fedeli a Cristo, scoprì che Sebastiano era cristiano lo condannò a morte che doveve avvenire per trafittura da frecce. Sempre secondo la leggenda, dopo questo martirio fu abbandonato perché i carnefici lo credettero morto, ma non lo era, e fu amorevolmente curato e riuscì a guarire. Cercando il martirio, sarebbe ritornato da Diocleziano per rimproverarlo e questi avrebbe ordinato di flagellarlo a morte, per poi gettarne il corpo nella Cloaca Maxima.
Spesso, in passato, Sebastiano veniva invocato come protettore contro la peste. Attualmente, in Italia, è il santo patrono della polizia municipale. Oggi è anche invocato contro le epidemie in generale, insieme a san Rocco.