Esistono creature che possono esaudire il desiderio di un'adolescente prescelta... In caso la giovane decida di accettare la proposta, il prezzo da pagare è diventare una maga che, per il resto della vita, dovrà combattere le streghe, responsabili delle morti violente e dei suicidi che funestano il mondo. Madoka Kaname e Sayaka Miki, amiche e compagne di classe delle scuole medie, incontrano Kyubey, una di queste creature, che con l'aiuto della maga Mami Tomoe offre loro la possibilità di realizzare un desiderio e divenire così ragazze magiche. Un'altra maga, Homura Akemi, tenta però in tutti i modi di dissuadere Madoka dallo stipulare il contratto. Madoka scoprirà molto presto che essere una maga è molto più pericoloso di quanto sembri e chi lo diventa è condannata ad una vita di sofferenza e sacrificio...