La storia di Ruka, liceale ribelle esclusa dall'attività del club di pallamano per l'intera durata delle vacanze scolastiche. Ruka decide così di partire per trascorrere una giornata a Tokyo. Ma, al calare della notte, farà uno strano incontro con Umi e Sora, due ragazzi stranieri cresciuti fra strani e straordinari segreti... Affascinati dal loro modo di nuotare, che li fa sembrare uccelli in volo, Ruka e gli adulti che conoscono i due si trovano, loro malgrado, a far parte di un ingranaggio più grande di loro. Nel frattempo, tutto il mondo è sconvolto da un'anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo...