E' uno dei più giovani musei in Italia, ma per l'importanza delle raccolte si può considerare uno dei maggiori dell'Italia Meridionale e il più importante della Magna Grecia. Fu istituito nel 1887 nel convento annesso alla chiesa di S.Pasquale di Baylon con l'intento di esporre l'intera documentazione archeologica di Taranto e del resto della Puglia. Di grande importanza nella V Sala l'esposizione della ceramica e nell'XI quella straordinaria dei famosi ori di Taranto, gioielli rinvenuti nelle necropoli come parte di corredi funerari ma utilizzati in vita dai defunti. In posizione centrale è il mirabile Poseidone da Ugento, statua bronzea del VI sec. a.C.